Pedro A Valiente

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Coautores

Mario E. Valdés-TresancoCentre for Molecular Simulations, University of CalgaryDirección de correo verificada de ucalgary.ca
Ernesto Moreno FriasUniversidad de Medellín, ColombiaDirección de correo verificada de udemedellin.edu.co
Tirso Pons (ORCID:0000-0002-7616-7...CNB-CSIC (RoR:015w4v032), MadridDirección de correo verificada de cnb.csic.es
Uris RosMPI Biophysics, Frankfurt, GermanyDirección de correo verificada de biophys.mpg.de
María Eliana LanioProfessor Centro de Estudios de Proteinas, Facultad de Biologia, Universidad de la HabanaDirección de correo verificada de fbio.uh.cu
Carlos M. Alvarez ValcárcelProfessor - Biochemistry, Center for Protein Studies, University of Havana, CubaDirección de correo verificada de fbio.uh.cu
Philip M. KimProfessor, University of TorontoDirección de correo verificada de kimlab.org
Kalet Leon MonzonCenter of Molecular Immunology, Habana, CubaDirección de correo verificada de cim.sld.cu
Isel Pascual AlonsoProfesora Titular, Facultad de Biología, Universidad de la Habana, CubaDirección de correo verificada de fbio.uh.cu
D. Peter TielemanCanada Research Chair in Molecular Simulation, University of CalgaryDirección de correo verificada de ucalgary.ca
Jorge Enrique Hernández GonzálezPosdoctoral Researcher, UNESPDirección de correo verificada de unesp.br
Haydee Mesa GallosoPhD Candidate, University of CalgaryDirección de correo verificada de ucalgary.ca
jean-louis charliUniversidad Nacional Autónoma de MexicoDirección de correo verificada de ibt.unam.mx
Delgado-Magnero KHMsc Student, University of CalgaryDirección de correo verificada de ucalgary.ca
Ana J. Garcia-SaezProfessor, University of CologneDirección de correo verificada de uni-koeln.de
Vu T. NguyenPh.D student UTSADirección de correo verificada de hcmut.edu.vn
Ricardo LleonartINDICASAT AIPDirección de correo verificada de indicasat.org.pa
Patricia L. FernándezINDICASATDirección de correo verificada de indicasat.org.pa
Paulo Ricardo BatistaPrograma de Computação Científica, Fundação Oswaldo CruzDirección de correo verificada de fiocruz.br
Yasel GuerraUniversidad de las AméricasDirección de correo verificada de udla.edu.ec

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Pedro A Valiente

Donnelly Center for Cellular and Biomolecular Research, Faculty of Medicine, University of Toronto

Dirección de correo verificada de utoronto.ca

Molecular dynamic simulations free energy calculations molecular docking drug design protein design


Título Ordenar por citas Ordenar por año Ordenar por título	Citado por Citado por	Año
gmx_MMPBSA: a new tool to perform end-state free energy calculations with GROMACS MS Valdés-Tresanco, ME Valdés-Tresanco, PA Valiente, E Moreno Journal of chemical theory and computation 17 (10), 6281-6291, 2021	1064	2021
AMDock: a versatile graphical tool for assisting molecular docking with Autodock Vina and Autodock4 MS Valdés-Tresanco, ME Valdés-Tresanco, PA Valiente, E Moreno Biology direct 15, 1-12, 2020	200	2020
Computational design of potent D-peptide inhibitors of SARS-CoV-2 PA Valiente, H Wen, S Nim, JA Lee, HJ Kim, J Kim, A Perez-Riba, ... Journal of medicinal chemistry 64 (20), 14955-14967, 2021	46	2021
Identification of inhibitors of CD36-amyloid beta binding as potential agents for Alzheimer’s disease D Doens, PA Valiente, AM Mfuh, A XT Vo, A Tristan, L Carreño, M Quijada, ... ACS chemical neuroscience 8 (6), 1232-1241, 2017	43	2017
Discovery of potent and selective inhibitors of the Escherichia coli M1-aminopeptidase via multicomponent solid-phase synthesis of tetrazole-peptidomimetics Y Méndez, G De Armas, I Pérez, T Rojas, ME Valdés-Tresanco, ... European Journal of Medicinal Chemistry 163, 481-499, 2019	40	2019
Improving the LIE method for binding free energy calculations of protein–ligand complexes WE Miranda, SY Noskov, PA Valiente Journal of chemical information and modeling 55 (9), 1867-1877, 2015	38	2015
Differences in activity of actinoporins are related with the hydrophobicity of their N-terminus U Ros, W Rodríguez-Vera, L Pedrera, PA Valiente, S Cabezas, ME Lanio, ... Biochimie 116, 70-78, 2015	36	2015
Unraveling the binding mechanism of polyoxyethylene sorbitan esters with bovine serum albumin: A novel theoretical model based on molecular dynamic simulations KH Delgado-Magnero, PA Valiente, M Ruiz-Peña, A Pérez-Gramatges, ... Colloids and Surfaces B: Biointerfaces 116, 720-726, 2014	31	2014
Structural insights into serine protease inhibition by a marine invertebrate BPTI Kunitz-type inhibitor R García-Fernández, T Pons, M Perbandt, PA Valiente, A Talavera, ... Journal of structural biology 180 (2), 271-279, 2012	29	2012
Biophysical and biochemical strategies to understand membrane binding and pore formation by sticholysins, pore-forming proteins from a sea anemone C Alvarez, U Ros, A Valle, L Pedrera, C Soto, YP Hervis, S Cabezas, ... Biophysical reviews 9, 529-544, 2017	28	2017
Disrupting a key hydrophobic pair in the oligomerization interface of the actinoporins impairs their pore‐forming activity H Mesa‐Galloso, KH Delgado‐Magnero, S Cabezas, A López‐Castilla, ... Protein Science 26 (3), 550-565, 2017	27	2017
The membranotropic activity of N-terminal peptides from the pore-forming proteins sticholysin I and II is modulated by hydrophobic and electrostatic interactions as well as … U Ros, L Pedrera, D Díaz, JC De Karam, TP Sudbrack, PA Valiente, ... Journal of biosciences 36, 781-791, 2011	27	2011
Predicting functional residues in Plasmodium falciparum plasmepsins by combining sequence and structural analysis with molecular dynamics simulations PA Valiente, PR Batista, A Pupo, T Pons, A Valencia, PG Pascutti Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics 73 (2), 440-457, 2008	24	2008
Discovery of novel non-competitive inhibitors of mammalian neutral M1 aminopeptidase (APN) I Pascual, PA Valiente, G García, ME Valdés-Tresanco, Y Arrebola, L Díaz, ... Biochimie 142, 216-225, 2017	21	2017
Differential binding and activity of the pore-forming toxin sticholysin II in model membranes containing diverse ceramide-derived lipids C Soto, A Del Valle, PA Valiente, U Ros, ME Lanio, AM Hernández, ... Biochimie 138, 20-31, 2017	21	2017
Computational proteomics pitfalls and challenges: HavanaBioinfo 2012 workshop report Y Perez-Riverol, H Hermjakob, O Kohlbacher, L Martens, D Creasy, J Cox, ... Journal of proteomics 87, 134-138, 2013	21	2013
HelixGAN a deep-learning methodology for conditional de novo design of α-helix structures X Xie, PA Valiente, PM Kim Bioinformatics 39 (1), btad036, 2023	20	2023
New parameterization approaches of the LIE method to improve free energy calculations of PlmII‐inhibitors complexes PA Valiente, A Gil L, PR Batista, ER Caffarena, T Pons, PG Pascutti Journal of computational chemistry 31 (15), 2723-2734, 2010	20	2010
Membrane remodeling by the lytic fragment of SticholysinII: implications for the toroidal pore model H Mesa-Galloso, PA Valiente, ME Valdés-Tresanco, RF Epand, ME Lanio, ... Biophysical journal 117 (9), 1563-1576, 2019	19	2019
Computational perspectives into plasmepsins structure—function relationship: implications to inhibitors design A Gil L, PA Valiente, PG Pascutti, T Pons Journal of tropical medicine 2011 (1), 657483, 2011	19	2011

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