Mario Stanke

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Coautores

Burkhard MorgensternProfessor of Bioinformatics, University of GöttingenDirección de correo verificada de gwdg.de
Katharina HoffPrivatdozentin at University of GreifswaldDirección de correo verificada de uni-greifswald.de
Stephan WaackProfessor für Informatik, Universität GöttingenDirección de correo verificada de informatik.uni-goettingen.de
Mark BorodovskyRegents' Professor, Georgia TechDirección de correo verificada de gatech.edu
Mark DiekhansUniversity of California, Santa Cruz; UC Santa Cruz Genomics InstituteDirección de correo verificada de soe.ucsc.edu
David HausslerScientific Director, UC Santa Cruz Genomics Institute, University of California, Santa CruzDirección de correo verificada de soe.ucsc.edu
Alex LomsadzeSenior Research Scientist, The Wallace H. Coulter Department of Biomedical Engineering at GeorgiaDirección de correo verificada de gatech.edu
Bette KorberLos Alamos National LaboratoryDirección de correo verificada de lanl.gov
Ming ZhangUniversity of GeorgiaDirección de correo verificada de uga.edu
Thomas LeitnerLos Alamos National LaboratoryDirección de correo verificada de lanl.gov
Jakob Skou PedersenProfessor at Department of Molecular Medicine, Aarhus UniversityDirección de correo verificada de ki.au.dk
W James KentUC Santa Cruz Genomics Institute, University of California Santa Cruz, UCSC Genome BrowserDirección de correo verificada de soe.ucsc.edu
Hiram ClawsonUC Santa Cruz Genomics Institute, UCSC Genome BrowserDirección de correo verificada de ucsc.edu
Kate RosenbloomUC Santa Cruz Genomics Institute, UCSC Genome BrowserDirección de correo verificada de soe.ucsc.edu
Robert KuhnUC Santa Cruz Genomics Institute, UCSC Genome BrowserDirección de correo verificada de soe.ucsc.edu
Brooke RheadSenior Statistical Geneticist, TempusDirección de correo verificada de berkeley.edu
Ann ZweigUCSC Genome Browser, UC Santa Cruz Genomics InstituteDirección de correo verificada de ucsc.edu
Galt BarberUC Santa Cruz Genomics Institute, UCSC Genome BrowserDirección de correo verificada de folkplanet.com
Brian RaneyUniversity of California, Santa Cruz, UC Santa Cruz Genomics Institute, UCSC Genome BrowserDirección de correo verificada de ucsc.edu
Angie S. HinrichsUC Santa Cruz Genomics Institute, UCSC Genome BrowserDirección de correo verificada de soe.ucsc.edu

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Mario Stanke

Professor of Bioinformatics, University of Greifswald

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AUGUSTUS: ab initio prediction of alternative transcripts M Stanke, O Keller, I Gunduz, A Hayes, S Waack, B Morgenstern Nucleic acids research 34 (suppl_2), W435-W439, 2006	1521	2006
Gene prediction with a hidden Markov model and a new intron submodel M Stanke, S Waack Bioinformatics 19 (suppl_2), ii215-ii225, 2003	1506	2003
The genome of the model beetle and pest Tribolium castaneum. S Richards, RA Gibbs, GM Weinstock, SJ Brown, R Denell, RW Beeman, ... Nature 452 (7190), 949-955, 2008	1355	2008
Using native and syntenically mapped cDNA alignments to improve de novo gene finding M Stanke, M Diekhans, R Baertsch, D Haussler Bioinformatics 24 (5), 637-644, 2008	1345	2008
Genome Sequence of Aedes aegypti, a Major Arbovirus Vector V Nene, JR Wortman, D Lawson, B Haas, C Kodira, Z Tu, B Loftus, Z Xi, ... Science 316 (5832), 1718-1723, 2007	1264	2007
AUGUSTUS: a web server for gene prediction in eukaryotes that allows user-defined constraints M Stanke, B Morgenstern Nucleic acids research 33 (suppl_2), W465-W467, 2005	1165	2005
The genome of the blood fluke Schistosoma mansoni M Berriman, BJ Haas, PT LoVerde, RA Wilson, GP Dillon, GC Cerqueira, ... Nature 460 (7253), 352-358, 2009	1163	2009
AUGUSTUS: a web server for gene finding in eukaryotes M Stanke, R Steinkamp, S Waack, B Morgenstern Nucleic acids research 32 (suppl_2), W309-W312, 2004	1109	2004
The Amphimedon queenslandica genome and the evolution of animal complexity M Srivastava, O Simakov, J Chapman, B Fahey, MEA Gauthier, T Mitros, ... Nature 466 (7307), 720-726, 2010	1073	2010
Gene prediction in eukaryotes with a generalized hidden Markov model that uses hints from external sources M Stanke, O Schöffmann, B Morgenstern, S Waack BMC bioinformatics 7 (1), 1-11, 2006	949	2006
Genome Sequence of the Pea Aphid Acyrthosiphon pisum International Aphid Genomics Consortium PLoS biology 8 (2), e1000313, 2010	921	2010
Functional and Evolutionary Insights from the Genomes of Three Parasitoid Nasonia Species JH Werren, S Richards, CA Desjardins, O Niehuis, J Gadau, ... Science 327 (5963), 343-348, 2010	870	2010
BRAKER1: unsupervised RNA-Seq-based genome annotation with GeneMark-ET and AUGUSTUS KJ Hoff, S Lange, A Lomsadze, M Borodovsky, M Stanke Bioinformatics 32 (5), 767-769, 2016	781	2016
Assessment of transcript reconstruction methods for RNA-seq T Steijger, JF Abril, PG Engström, F Kokocinski, TJ Hubbard, R Guigó, ... Nature methods 10 (12), 1177-1184, 2013	699	2013
Draft genome of the filarial nematode parasite Brugia malayi E Ghedin, S Wang, D Spiro, E Caler, Q Zhao, J Crabtree, JE Allen, ... Science 317 (5845), 1756-1760, 2007	694	2007
The UCSC genome browser database: 2008 update D Karolchik, RM Kuhn, R Baertsch, GP Barber, H Clawson, M Diekhans, ... Nucleic acids research 36 (suppl_1), D773-D779, 2007	586	2007
Draft genome sequence of the oilseed species Ricinus communis AP Chan, J Crabtree, Q Zhao, H Lorenzi, J Orvis, D Puiu, ... Nature biotechnology 28 (9), 951-956, 2010	551	2010
Sequencing of Culex quinquefasciatus Establishes a Platform for Mosquito Comparative Genomics P Arensburger, K Megy, RM Waterhouse, J Abrudan, P Amedeo, B Antelo, ... Science 330 (6000), 86-88, 2010	501	2010
Insights into evolution of multicellular fungi from the assembled chromosomes of the mushroom Coprinopsis cinerea (Coprinus cinereus) JE Stajich, SK Wilke, D Ahrén, CH Au, BW Birren, M Borodovsky, C Burns, ... Proceedings of the National Academy of Sciences 107 (26), 11889-11894, 2010	463	2010
Gene transfer from bacteria and archaea facilitated evolution of an extremophilic eukaryote G Schönknecht, WH Chen, CM Ternes, GG Barbier, RP Shrestha, ... Science 339 (6124), 1207-1210, 2013	449	2013

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