Stephan Saalfeld

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Pavel TomancakResearch Group Leader at the Max Planck Institute of Molecular Cell Biology and Genetics in DresdenDirección de correo verificada de mpi-cbg.de
Stephan PreibischHHMI Janelia Research CampusDirección de correo verificada de janelia.hhmi.org
Albert CardonaMRC LMB and University of CambridgeDirección de correo verificada de mrc-lmb.cam.ac.uk
Johannes SchindelinDirección de correo verificada de wisc.edu
Mark Longair(Previously) Postdoctoral researcher, Institute of Neuroinformatics, Uni / ETH ZürichDirección de correo verificada de longair.net
Ignacio Arganda-CarrerasIkerbasque Associate Researcher at University of the Basque Country and DIPCDirección de correo verificada de ehu.eus
Curtis RuedenUniversity of Wisconsin-MadisonDirección de correo verificada de wisc.edu
Jean-Yves TinevezResearch engineer, Institut Pasteur, Paris, FranceDirección de correo verificada de pasteur.fr
John BogovicHHMI Janelia Research CampusDirección de correo verificada de janelia.hhmi.org
Jan FunkeHHMI Janelia Research CampusDirección de correo verificada de janelia.hhmi.org
Philipp HanslovskyBioinformatics Specialist, HHMI JaneliaDirección de correo verificada de janelia.hhmi.org
Khaled KhairySt. Jude Children's Research HospitalDirección de correo verificada de stjude.org
Andrew ChampionPostdoc, University of CambridgeDirección de correo verificada de janelia.hhmi.org
Rodney DouglasProfessor of Computational NeuroscienceDirección de correo verificada de ini.phys.ethz.ch
Casey M Schneider-MizellAllen Institute for Brain ScienceDirección de correo verificada de alleninstitute.org
Helena JamborTU DresdenDirección de correo verificada de tu-dresden.de
Torsten RohlfingGoogle LLCDirección de correo verificada de ieee.org
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Biomedical Image Analysis Computer Vision Machine Learning


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Fiji: an open-source platform for biological-image analysis J Schindelin, I Arganda-Carreras, E Frise, V Kaynig, M Longair, T Pietzsch, ... Nature Methods 9 (7), 676-682, 2012	53564	2012
Globally optimal stitching of tiled 3D microscopic image acquisitions S Preibisch, S Saalfeld, P Tomancak Bioinformatics 25 (11), 1463-1465, 2009	2341	2009
TrakEM2 software for neural circuit reconstruction A Cardona, S Saalfeld, J Schindelin, I Arganda-Carreras, S Preibisch, ... PLoS One 7 (6), e38011, 2012	947	2012
A connectome and analysis of the adult Drosophila central brain LK Scheffer, CS Xu, M Januszewski, Z Lu, S Takemura, KJ Hayworth, ... Elife 9, e57443, 2020	876*	2020
A complete electron microscopy volume of the brain of adult Drosophila melanogaster Z Zheng, JS Lauritzen, E Perlman, CG Robinson, M Nichols, D Milkie, ... Cell 174 (3), 730-743. e22, 2018	780	2018
Software for bead-based registration of selective plane illumination microscopy data S Preibisch, S Saalfeld, J Schindelin, P Tomancak Nature methods 7 (6), 418-419, 2010	438	2010
An Integrated Micro- and Macroarchitectural Analysis of the Drosophila Brain by Computer-Assisted Serial Section Electron Microscopy A Cardona, S Saalfeld, S Preibisch, B Schmid, A Cheng, J Pulokas, ... PLoS Biology 8 (10), e1000502, 2010	424	2010
CATMAID: collaborative annotation toolkit for massive amounts of image data S Saalfeld, A Cardona, V Hartenstein, P Tomančák Bioinformatics 25 (15), 1984-1986, 2009	365	2009
Cortical column and whole-brain imaging with molecular contrast and nanoscale resolution R Gao, SM Asano, S Upadhyayula, I Pisarev, DE Milkie, TL Liu, V Singh, ... Science 363 (6424), eaau8302, 2019	329	2019
Elastic volume reconstruction from series of ultra-thin microscopy sections S Saalfeld, R Fetter, A Cardona, P Tomancak Nature Methods 9 (7), 717-720, 2012	316	2012
Whole-brain serial-section electron microscopy in larval zebrafish DGC Hildebrand, M Cicconet, RM Torres, W Choi, TM Quan, J Moon, ... Nature 545 (7654), 345-349, 2017	312	2017
Quantitative neuroanatomy for connectomics in Drosophila CM Schneider-Mizell, S Gerhard, M Longair, T Kazimiers, F Li, MF Zwart, ... Elife 5, e12059, 2016	299	2016
BigDataViewer: visualization and processing for large image data sets T Pietzsch, S Saalfeld, S Preibisch, P Tomancak Nature Methods 12 (6), 481-483, 2015	286	2015
Large scale image segmentation with structured loss based deep learning for connectome reconstruction J Funke, F Tschopp, W Grisaitis, A Sheridan, C Singh, S Saalfeld, ... IEEE transactions on pattern analysis and machine intelligence 41 (7), 1669-1680, 2018	212*	2018
Whole-cell organelle segmentation in volume electron microscopy L Heinrich, D Bennett, D Ackerman, W Park, J Bogovic, N Eckstein, ... Nature 599 (7883), 141-146, 2021	162*	2021
As-rigid-as-possible mosaicking and serial section registration of large ssTEM datasets S Saalfeld, A Cardona, V Hartenstein, P Tomančák Bioinformatics 26 (12), i57-i63, 2010	155	2010
ImgLib2—generic image processing in Java T Pietzsch, S Preibisch, P Tomančák, S Saalfeld Bioinformatics 28 (22), 3009–3011, 2012	148	2012
Systematic imaging reveals features and changing localization of mRNAs in Drosophila development H Jambor, V Surendranath, AT Kalinka, P Mejstrik, S Saalfeld, ... eLife 4, e05003, 2015	143	2015
Robust registration of calcium images by learned contrast synthesis JA Bogovic, P Hanslovsky, A Wong, S Saalfeld 2016 IEEE 13th International Symposium on Biomedical Imaging (ISBI), 1123-1126, 2016	129	2016
Automatic detection of synaptic partners in a whole-brain Drosophila electron microscopy data set J Buhmann, A Sheridan, C Malin-Mayor, P Schlegel, S Gerhard, ... Nature Methods 18 (7), 771-774, 2021	96	2021

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